Parallel zur schrittweisen Erneuerung und Erweiterung der Dauerausstellungen und der Renovation des Palastes wurden immer wieder Sonderausstellungen angeboten.

2016 Käppi, Kutte, Krinoline: Kleidung als Statement
2014Tatort Glarnerland. 500 Jahre Kriminalgeschichte
Festgehalten - Kinderfotografien von Glarner-Fieger
2011
2009hört, hört! Glarner Geräusche und Klänge
2008Kinder ins Museum!
2007200 Jahre Linthkorrektion 1807–2007
2006Glarnerinnen - gestern, heute, morgen
2005Tschudi, Aegidius – wer? Ein Glarner Multitalent, 1505–1572
2004Alles unter einem Hut
2003Romantisches Glarnerland – Alte Ansichten vor 1900
2002Altes Spielzeug – Sammlung Migli Gisler, Glarus
2000/01Foto Schönwetter Glarus
1999Kreuz und Quer der Farben – Glarner Karo- und Streifenstoffe für Afrika, Indonesien und die  Türkei
1998Im Sog epochaler Umwälzungen – Glarus und die Schweiz 1798–1848
1996/97Das Klöntal – Kleinod im Glarnerland
1995150 Jahre New Glarus
1994Ostschweizer Industrie im Bild – Fotografien von 1870 bis heute
1993Glarner Batikdrucke
100 Jahre Skisport in der Schweiz
1991Glarus und die Schweiz
Historische Bildertücher
1990Vögel auf dem Textil
1989Südamerika ruft – Johann Jakob von Tschudi (1818–1889), Forscher, Reisender, Diplomat
1988Das Land Glarus um 1400
1987Die Landeskarten: Von der Vermessung bis zum Druck. Geologische Karten: eine  Landesaufgabe
Verkehrswege am Walensee
1986Zwingli (1484–1531) und die Reformation im Lande Glarus
Schweizer Trachtendarstellungen und Glarner Trachten
1985Kunstmaler Severin Benz (1834–1898)
1984Der Kartograph Rudolf Leuzinger (1826–1896) und 500 Jahre Glarnerkarten
Der Humanist Glarean (1488–1563)
1982Unsere Bauten – Dein Lebensraum
1979Papier macht Geschichte
1978Glarner Tüchli einst und heute
1976Atlanten Karten Globen – aus der Sammlung Walter Blumer, Bern
1974Das Kleid des Landes – Glarner Trachten
Ofenkeramik im Glarnerland
Linthkorrektion und Nationalstrasse
1972Aegidius Tschudi
1969Hans Conrad Escher von der Linth 1767–1823
1954Franz Niklaus von Bachmann